Suite aux dernières élections professionnelle, un arrêté du Ministre de l’Intérieur, de l'Outre Mer et des collectivités locales en date du 11 mars 2009 fixe la répartition des sièges attribués aux organisations syndicales de fonctionnaires territoriaux au CSFPT. Siègent à ce conseil la Fédération CGT des services publics, la fédération INTERCO-CFDT, la fédération des personnels des services publics et des services de santé - Force ouvrière, la fédération autonome de la fonction publique territoriale, la Fédération nationale UNSA-territoriaux, la fédération nationale des agents des collectivités territoriales CFTC.